Sob a tutela do Ministério da Agricultura e Ambiente, o INIDA é dirigido por um Presidente que é assessorado por um Conselho de Gestão e por um Conselho Científico. De acordo com os estatutos, ainda em vigor, o INIDA estava, até 2011, estruturado em 3 direções de serviços, designadamente, a Direção dos Serviços de Investigação, a Direção dos Serviços de Planificação e Informação e a Direção dos Serviços de Administração e Finanças. Tinha ainda um Serviço Autónomo de Formação, corporizado num Centro de Formação Agrária. A Direção dos Serviços de Investigação é o serviço operativo que tem sob a sua responsabilidade 3 Departamentos (O Departamento de Agricultura e Pecuária, encarregado de exe-cutar e desenvolver as atividades de inves-tigação nas áreas de produção e proteção vegetal, da silvicultura, produção e sanidade animal; Departamento de Ciências do Ambiente, encarregado de execu-tar e desenvolver as atividades de investi-gação nas áreas de recursos naturais, in-cluindo solos, fauna e flora, agrometeorologia e hidrologia, bem como seguimento dos efeitos ambientais resultantes da  interação desses recursos, e o Departamento de Agro- economia e Ciências Sociais, encarre-gado de executar e desenvolver as ativida-des de investigação sobre os aspetos socio-económicos dos sistemas agrários e de produ-ção, a demografia rural e a interação entre os vários intervenientes no mundo rural). Incumbe à Direção dos Serviços de Investigação, de entre outras tarefas, a coordenação do desenvolvimento das atividades de investigação e a interação dos vários de-partamentos técnicos, centros regionais, uni-dades experimentais e grupos multidiscipli-nares de investigação. A partir de 2011, a componente de formação foi transferida para a Universidade de Cabo Verde - Escola de Ciências Agrárias e Ambientais (ECAA).

Os órgãos de gestão do INIDA são constituídos pelo Conselho de Administração e o Conselho Científico, que, porém, não tem estado a funcionar na sua plenitude. A organização da investigação agrária no instituto funciona até então, conforme definido nos seus estatutos de 1997, havendo a necessidade da sua atualização. Os programas de investigação são implementados por equipas pluridisciplinares, geralmente compostas por investigadores do INIDA e, sempre que necessário, a equipa é reforçada por outros técnicos do MAA e de outras instituições parceiras. No entanto, a organização de equipas multidisciplinares para implementação de programas e projetos precisa ser reforçada com mais especialistas.

Consulte o Estatuto da INIDA para mais detalhes.